Ecosystème bactérien

Rôle de l’écosystème bactérien dans les maladies digestives

42° FML du 26/09/2015

Dr Lionel Wander
Gastro-entérologue
2 avenue du 11 novembre 1918
69200 Vénissieux

Le microbiote se définit comme l’ensemble des micro-organismes qui colonisent le tractus digestif soit 1014 bactéries (100 fois plus que les cellules humaines). Il se caractérise par environ 1.000 espèces réparties en 3 familles : firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria. Sa composition est variable selon la zone du tube digestif, mais stable dans le temps avec une certaine résilience notamment après traitement (antibiotiques, laxatifs, …). L’étude du microbiote se fait en recherche fondamentale sur des souris axéniques (sans bactéries) et en pratique humaine sur des coprocultures ou des recherches d’ARN bactérien par PCR.

La perturbation du microbiote se nomme dysbiose. Elle est maintenant parfaitement documentée dans le syndrome de l’intestin irritable, les colites récidivantes à clostridium et surtout les MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin), dont le mécanisme physiopathologique principal est probablement une réponse immunitaire inadaptée vis à vis d’une modification du microbiote intestinal chez des patients prédisposés génétiquement. On suspecte également une dysbiose dans les maladies auto-immunes, notamment digestives, dans les hépatopathies nutritionnelles (alcoolique et dysmétabolique) et dans certains cancers. Le rôle de la dysbiose est par ailleurs maintenant parfaitement établi dans l’autisme, sans connaître pour l’instant le mécanisme exact de ce lien.

Les possibilités thérapeutiques semblent immenses, mais restent pour l’instant limitées aux antibiotiques notamment anti anaérobies comme le métronidazole ou peu absorbés comme la fidaxomicine (disponible en rétrocession hospitalière dans l’infection récidivante à Clostridium difficile), aux probiotiques, principalement de la famille des Lactobacillus et des Saccharomyces (boulardii en tête de fil). Des mélanges de bactéries seraient probablement plus performants (VSL#3). La transplantation fécale présente actuellement les meilleurs résultats chez les patients souffrant de dysbiose sévère. Sa place est encore en cours d’évaluation et un groupe francophone d’étude s’est monté en 2014 pour mener rapidement des essais validants.

Références

• Van Nood et al, N Engl J Med 2013 ; 368 : 407-15
• Sokol et al pour le Groupe Français de Transplantation Fécale Hépato- Gastro 2015 (22);4:278-90
• Numéro spécial Hepato-Gastro 2013 (20) ; supplément 3
• Marteau P Gut 2010 ; 59 : 285-6*
• Moayyedi et al Gut 2010 ; 59 : 325-32